ทรัพยากรของ AWS HealthOmics

เรียนรู้วิธีใช้ AWS HealthOmics ในคู่มือนักพัฒนาแบบทีละขั้นตอนนี้

อ่านคู่มืออ้างอิงนี้สำหรับ AWS HealthOmics API และพารามิเตอร์

คู่มือนี้ให้คำแนะนำสำหรับการติดตั้งและใช้ AWS HealthOMics Power ของ Kiro และ IDE Extension ใน Kiro IDE เพื่อพัฒนาประสบการณ์ของผู้ใช้เมื่อทำงานบน HealthOMics

คู่มือนี้จะแนะนำกระบวนการสร้าง ปรับใช้ และเรียกใช้เวิร์กโฟลว์จีโนมิกส์โดยใช้ AWS HealthOMics

คุณสามารถขอให้ Kiro CLI สร้างเวิร์กโฟลว์ วิเคราะห์ข้อมูลบันทึกการใช้งาน และให้คำแนะนำในการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงาน

เริ่มต้นใช้งานเวิร์กโฟลว์และที่จัดเก็บของ HealthOmics

ที่เก็บข้อมูลโอเพ่นซอร์สบน GitHub พร้อมโค้ดตัวอย่างที่แสดงให้เห็นถึงวิธีการจัดเก็บ ประมวลผล และสืบค้นชุดข้อมูลจีโนมิคและชีวภาพโดยใช้ AWS HealthOmics

ส่วนขยาย HealthOmics Kiro IDE มีความสามารถในการไฮไลต์ Syntax การเติมโค้ดอัตโนมัติ และการให้คำแนะนำในการแก้ไขปัญหา รวมถึงการตรวจสอบความเข้ากันได้ของเอ็นจิ้น ของ HealthOmics คำแนะนำในการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงาน การวิเคราะห์การทำงานแบบอัตโนมัติพร้อมการวินิจฉัยข้อผิดพลาด และความสามารถในการนำเข้า/ส่งออกเวิร์กโฟลว์

ประกอบด้วย HealthOmics MCP Server พร้อมคำแนะนำ ทำให้เจ้าหน้าที่ของ Kiro มีความเชี่ยวชาญในการสร้างและเพิ่มประสิทธิภาพเวิร์กโฟลว์ของ HealthOmics

เซิร์ฟเวอร์ Model Context Protocol (MCP) ที่ให้ผู้ช่วย AI สามารถเข้าถึงบริการ AWS HealthOMics ที่ครอบคลุมสำหรับการจัดการ ดำเนินการ และการวิเคราะห์เวิร์กโฟลว์จีโนมิค

ใช้ชุดเวิร์กโฟลว์ของ AWS HealthOmics นี้เพื่อเร่งกระบวนการการค้นพบยา

สร้างเวิร์กโฟลว์ส่วนตัวตามตัวอย่างเวิร์กโฟลว์โอเพ่นซอร์สของ HealthOmics

Run Analyzer เป็นเครื่องมือเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานที่ดึงข้อมูลบันทึก Manifest จาก CloudWatch และสร้างสถิติสำหรับการเรียกใช้ รวมถึงการใช้ CPU และหน่วยความจำสำหรับงานเวิร์กโฟลว์แต่ละงาน

ใช้ HealthOmics WDL linter เพื่อตรวจจับข้อผิดพลาดทั่วไปของเวิร์กโฟลว์ก่อนที่จะเรียกใช้

ตรวจสอบข้อผิดพลาดที่พบบ่อยของ Nextflow ก่อนที่จะเรียกใช้สคริปต์เวิร์กโฟลว์

Re-run การใช้งานที่ถูกบันทึกไว้ถาวร จากบันทึก manifest ของ CloudWatch

ดาวน์โหลดไฟล์จากข้อมูลอ้างอิงหรือ Read Set ของ AWS HealthOmics ได้อย่างง่ายดาย

แอป CDK สาธิตสถาปัตยกรรมที่ขับเคลื่อนด้วยเหตุการณ์ ทำให้การนำเข้าข้อมูลไปยังที่เก็บ sequence ของ AWS HealthOmics โดยอัตโนมัติ เมื่ออ็อบเจกต์ถูกสร้างขึ้นใน Amazon S3

สร้าง Manifest json สำหรับงานนำเข้าการจัดเก็บข้อมูลลำดับของ AWS HealthOmics

ระบุ Read Set ที่ซ้ำกันที่จัดเก็บไว้ในที่เก็บข้อมูลลำดับของ AWS HelathOmics

คำแนะนำนี้แสดงวิธีการสร้างระบบการจัดการข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ที่รวมทั้งข้อมูล เครื่องมือในห้องปฏิบัติการ และระบบซอฟต์แวร์ เช่น สมุดบันทึกห้องปฏิบัติการอิเล็กทรอนิกส์ (ELNs) และระบบการจัดการข้อมูลห้องปฏิบัติการ (LIMS) ด้วย HealthOmics

คำแนะนำนี้ช่วยให้คุณเชื่อมต่อเครื่องมือข้อมูลวิทยาศาสตร์ชีวภาพและไฟล์ระบบห้องปฏิบัติการเข้ากับ AWS Cloud ไม่ว่าจะผ่านทางอินเทอร์เน็ตหรือการเชื่อมต่อโดยตรงที่เวลาแฝงต่ำ

คำแนะนำนี้แสดงให้เห็นถึงวิธีการนำเข้าข้อมูลลำดับโอมิกส์จาก Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) ไปยังที่เก็บข้อมูล AWS HealthOmics

คำแนะนำนี้จะสาธิตวิธีการตั้งค่าเฟรมเวิร์กแบบครบวงจรเพื่อวิเคราะห์ข้อมูลด้านสุขภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (HCLS) หลายรูปแบบ

คำแนะนำนี้แสดงวิธีสร้างและเรียกใช้เวิร์กโฟลว์ชีวสารสนเทศระดับใช้งานจริงได้ตามขนาดที่ต้องการ และการใช้บริการ AWS สำหรับระบบอัตโนมัติ การวิเคราะห์เวิร์กโฟลว์ การจัดเก็บ และข้อมูลการสังเกตการดำเนินการและต้นทุน