Recursos de AWS HealthOmics

Aprenda a utilizar AWS HealthOmics en esta guía paso a paso para desarrolladores.

Lea esta guía de referencia para las API y los parámetros de AWS HealthOmics.

En esta guía se proporcionan instrucciones para instalar y usar la extensión del IDE y la capacidad de Kiro de AWS HealthOmics en el IDE de Kiro para mejorar la experiencia del usuario al trabajar con HealthOmics.

En esta guía se explica el proceso de creación, implementación y ejecución de flujos de trabajo de genómica con AWS HealthOmics.

Puede pedirle a la CLI de Kiro que cree flujos de trabajo, analice los registros de ejecución y haga recomendaciones de optimización del rendimiento.

Comience con los flujos de trabajo y el almacenamiento de HealthOmics

Repositorio de código abierto en GitHub con código de ejemplo que muestra cómo almacenar, procesar y consultar conjuntos de datos genómicos y biológicos con AWS HealthOmics

Proporciona orientación para resaltar la sintaxis, completar el código y solucionar problemas, junto con la verificación de la compatibilidad del motor de HealthOmics, las recomendaciones de optimización del rendimiento, el análisis de ejecución automatizado con diagnóstico de fallos y las funcionalidades de importación/exportación del flujo de trabajo.

Incluye orientación en el servidor MCP de HealthOmics, lo que proporciona al agente del IDE de Kiro experiencia en la creación y optimización del flujo de trabajo de HealthOmics.

Un servidor del protocolo de contexto para modelos (MCP) que proporciona a los asistentes de IA acceso integral a los servicios de AWS HealthOmics para la administración, la ejecución y el análisis del flujo de trabajo genómico.

Utilice esta colección de flujos de trabajo de AWS HealthOmics para acelerar el descubrimiento de fármacos

Cree flujos de trabajo privados basados en ejemplos de flujos de trabajo de código abierto de HealthOmics

El analizador de ejecución es una herramienta de optimización del rendimiento de ejecución que recupera los registros de los manifiestos de ejecución de CloudWatch y genera estadísticas para una ejecución, incluida la utilización de la CPU y la memoria para cada tarea de flujo de trabajo.

Utilice el WDL linter de HealthOmics para detectar errores de flujo de trabajo comunes antes de ejecutar los flujos de trabajo

Lint para errores comunes de Nextflow antes de ejecutar un script de flujo de trabajo

Vuelva a ejecutar las ejecuciones archivadas desde los registros de manifiestos de CloudWatch

Descargue con facilidad archivos de un conjunto de referencia o lectura de AWS HealthOmics

Aplicación de CDK que demuestra una arquitectura basada en eventos que automatiza la importación de datos a los almacenes de secuencias de AWS HealthOmics cuando se crean objetos en Amazon S3.

Genera un manifiesto json para los trabajos de importación del almacén de secuencias de AWS HealthOmics

Identifica los conjuntos de lectura duplicados almacenados en los almacenes de secuencias de AWS HealthOmics

En esta guía se demuestra cómo crear un sistema de administración de datos científicos que integre los datos de los instrumentos de laboratorio y los sistemas de software, como los cuadernos electrónicos de laboratorio (ELN) y los sistemas de administración de la información de laboratorio (LIMS), con HealthOmics.

Esta guía sirve para ayudarlo a conectar los instrumentos de datos de las ciencias biológicas y los archivos de sistemas de laboratorio a la nube de AWS, ya sea a través de Internet o de una conexión directa con baja latencia.

En esta guía, se muestra cómo importar datos de secuencias ómicas de Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) al almacenamiento de AWS HealthOmics.

En esta guía, se muestra cómo configurar un marco integral para analizar los datos multimodales sanitarios y de ciencias biológicas (HCLS).

En esta guía, se muestra cómo puede crear y ejecutar flujos de trabajo de biocomputación de nivel de producción a escala y utilizar los servicios de AWS para la automatización, el análisis de flujos de trabajo, el almacenamiento y la observabilidad operativa y de costos.